Klenteng Boen Bio menempati posisi yang sangat istimewa dalam peta sejarah Surabaya dan Hindia Belanda. Berbeda dengan mayoritas klenteng di Indonesia yang bersifat sinkretis (Tri Dharma), Boen Bio adalah satu-satunya tempat ibadah di Asia Tenggara yang murni menjalankan ajaran Khonghucu tanpa adanya patung dewa-dewi (Kimsin) di altar utamanya, melainkan hanya papan roh (Sinci). Peran dalam Peristiwa Besar & Nasionalisme: Gedung ini merupakan monumen perlawanan kultural dan politik. Pada awal abad ke-20, Boen Bio menjadi basis gerakan nasionalisme Tionghoa di Surabaya yang dipicu oleh tekanan ekonomi dari pemerintah Hindia Belanda, terutama melalui monopoli perdagangan Handels Vereeniging Amsterdam (HVA). Umat Boen Bio memelopori boikot terhadap perdagangan Belanda pada 1902, yang hasilnya digunakan untuk membiayai pemindahan klenteng dan pendirian sekolah Tiong Hoa Hwe Koan (THHK).

Tokoh besar seperti K’ang Yu Wei, pemimpin gerakan reformasi dari Tiongkok, sempat berkunjung pada 1904 dan memberikan pengaruh besar bagi modernisasi fisik bangunan ini. Tak hanya itu, Liem Koen Hian menggunakan Boen Bio sebagai markas gerakannya saat ia menyerukan warga Tionghoa untuk mendukung nasionalisme Indonesia di awal 1930-an.